Shindou, seorang siswa sekolah menengah tahun kedua yang menjalani kehidupan sekolah dengan kesepian, suatu hari bertemu dengan Kosuzu, seorang gadis di kelasnya di atap gedung sekolah. Melihat sisi Kosuzu yang berbeda dari biasanya, Shindou menyarankan agar mereka berdua makan siang bersama dengan imbalan menjaga rahasianya. Mulai hari ini, 45 menit rahasia kami berdua dimulai, sebuah kisah sekolah remaja.